Công ty TNHH Một thành viên Phát triển Khu Công nghệ cao Hòa Lạc tiền thân là Công ty TNHH Đồng Tâm, được thành lập từ năm 1992.

Theo chiến lược phát triển Công ty theo từng giai đoạn, ngày 22/10/2010 tại Quyết định số 122/TM&CGCN-QĐ, Công ty được đổi tên thành Công ty TNHH MTV Phát triển Công nghệ và Hạ tầng – Newtatco.

Tại quyết định số 4098/QĐ-BKHCN ngày 26/12/2013 của Bộ Khoa học và Công nghệ. Công ty được tiếp nhận nguyên trạng về Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, Bộ Khoa học và Công nghệ.

Ngày 05/3/2014, theo quyết định số 33/QĐ-CNCHL của Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, Công ty đã được đổi tên thành Công ty TNHH MTV Phát triển Khu Công nghệ cao Hòa Lạc.

Ngày 18/11/2023, theo Công văn số 1112/TTg-ĐMDN về việc chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước đối với Công ty TNHH MTV Phát triển Khu Công nghệ cao Hòa Lạc từ Bộ Khoa học và Công nghệ về Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội của Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý phê duyệt chủ trương chuyển giao quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước đối với Công ty TNHH MTV Phát triển Khu Công nghệ cao Hòa Lạc từ Bộ Khoa học và Công nghệ về Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội.